نيز چون از همه بيشتر شهرت علمى داشت پيش خليفه مورد احترام بيشتر بود ؛ و گروه بسيارى از شيعه و سنى به مجلس درسش مىنشستند و از افادات علمى او بهره مىبردند ، و همين سبب شد كه علماء ديگر بر او رشك بردند ، و پيش خليفه از او سخن‌چينى كردند ، و به او گفتند شيخ به صحابه پيمبر ، دشنام مىدهد ، و كتاب مصباح او را گواه آوردند ، كه در زيارت عاشورا دارد : اللهم خص اول ظالم باللعن منى و ابدأ به اولا ثم الثانى ثم الثالث ، ثم الرابع اللهم اللعن يزيد خامسا . خليفه كسى فرستاد ، تا او را با كتابش حاضر كردند ، چون شيخ از قضيه آگاه شد ، در دلش افتاد كه به خليفه گفت ، آنچه سخن‌چينان گفته‌اند ، من در نظر نداشتم ؛ زيرا از كلمهء ( اول ) قابيل را قصد داشتم كه هابيل را كشت ، و سنت آدم‌كشى را از خود به جا گذاشت . ( دوم ) قيدار است ، كه شتر صالح پيمبر را پى كرد . ( سوم ) يكى از سركشان بنىاسرائيل است كه يحيى را كشت . ( چهارم ) عبد الرحمن بن ملجم است ، كه على را كشت . خليفه تفسير او را پذيرفت و او را احترام كرد و سخن‌چينان را گوشمال داد ؛ اما ريشهء فساد به تمامى برنيامد ، تا سال 448 كه اختلاف شيعه و سنى بالا گرفت ، و فتنه به راه افتاد ؛ دشمنان به خانهء شيخ حمله بردند و كرسى تدريس او را سوزاندند ، و كتابخانه‌اش را كه در باب كرخ بود ، به آتش كشيدند ، تا او به رفتن نجف ناچار گرديد . استادان شيخ شيخ غير از مفيد و سيد مرتضى كه اهميت بسيارى داشتند ، استادان بسيار ديگرى هم داشته است ، و بيش از پانزده تن آنان را نام برده‌اند ، كه احمد بن عبد الدار غضايرى و حسين بن عبد اللّه غضايرى و على بن شاذان از آن جمله بوده‌اند ؛ و چندين نفر استاد سنى داشته است ، كه ابو محمد الفحام ، و ابو القسم بن الوكيل ، از آنها بوده‌اند . و همهء استادانش معروف و مشهور و شناخته شده مىباشند . شاگردان شيخ در مجلس درس شيخ شاگردان بىشمارى از شيعه و سنى حضور مىيافتند ، كه سيصد نفرشان داراى تأليف و تصنيف ، و شناخته شده بودند ، يكى از آنان پسر خود شيخ حسين مكنى به ابو على مىباشد ، و اسماعيل بن محمد بن الحسين بن بابويه قمى و برادرش اسحق و حسن بن حسين بن بابويه قمى ، و دو نفر معروف به شيخ مفيد ، از آن جمله‌اند .